功能性消化不良确实存在自行缓解的可能，但这种“自愈”往往有条件限制。从中医视角看，脾胃就像人体的磨盘，偶尔因饮食过量或受凉出现运转不畅，在诱因解除后，凭借自身运化能力可逐渐恢复常态。比如单次暴食后的脘腹胀满，通过适度饥饿、饮用温热的陈皮水，待食积消散，气机重新通畅，症状便会自然消退。这种短期、轻度的功能失调，属于脾胃自我调节的范畴。
但若病程超过一个月，或反复发作超过半年，自愈的概率会明显下降。中医认为“久病必虚”，长期的消化不良会损耗脾胃阳气，导致脾虚气滞的病理格局固化。此时即便停止食用刺激性食物，脾胃也难以依靠自身力量完成运化，反而会因动力不足出现“食少便溏—气血乏源—脾胃更虚”的恶性循环。宏韵中医刘凤斌在临床观察中发现，多数无法自愈的患者存在“肝气常横逆、脾阳已虚弱”的双重问题，肝木克土的状态若不改变，单纯等待自愈只会延误调理时机。
自愈的另一个隐形前提是生活方式的同步调整。若患者在症状轻微时仍保持熬夜、嗜辣、情绪焦虑的习惯，脾胃持续受到内外邪气侵袭，自愈就无从谈起。只有顺应脾胃“喜温恶寒、喜通恶滞”的特性，给身体创造自我修复的内环境，短暂的消化不良才可能实现真正意义上的自愈。