功能性消化不良在中医归属“痞满”“胃脘痛”范畴，治疗核心不离“辨证论治”四字。临床常见证型不同，方药走向截然不同。肝胃不和者多因情志不舒，胃脘胀痛连及两胁，治以疏肝和胃，柴胡疏肝散、逍遥散加减常为选用思路，意在恢复肝气条达、胃气顺降。脾胃虚弱者病程较长，食少乏力、大便溏薄，当益气健脾、和胃降逆，香砂六君子汤、参苓白术散类方剂重在培补后天之本，使运化有权。
湿热内蕴者胃脘灼热、口苦黏腻，治法转向清热化湿，连朴饮、半夏泻心汤辛开苦降，拆解中焦湿热胶结之势。寒热错杂与胃阴不足者亦各有对治路径，前者寒热平调，后者养阴益胃，皆须紧扣舌脉症状定夺。宏韵中医刘凤斌在临床中强调脾虚为本、胃失和降为标的核心病机，主张健脾疏肝、和胃降逆贯穿始终，结合四气理论分阶段调治，而非单一行气消胀了事。
除内服汤剂，中成药亦依证型择用，如脾虚气滞选枳术宽中胶囊，肝胃不和用气滞胃痛颗粒，饮食内停用保和丸。药随证转，方随法出，方能契合人体气机升降之序，逐步扭转消化不良的反复困局。